Η Περιφερειακή Μεγάλη Στοά Κύπρου λειτουργεί υπό τη σκέπη της Εθνικής Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος. Η Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος ιδρύθηκε στις 7 Ιουνίου 1986, από Αδελφούς οι οποίοι ανήκαν στη Μεγάλη Στοά της Ελλάδος, τη μοναδική μέχρι τότε Τεκτονική δύναμη στην Ελλάδα. Παρ’ όλο που την εποχή εκείνη η δημιουργία της νέας αυτής Μεγάλης Στοάς ήταν μια αναγκαιότητα, εντούτοις ουδείς φανταζόταν το μέγεθος αυτής της δικαίωσης. Παράλληλα, πρέπει να σημειωθεί πως οι προθέσεις των πρωτοπόρων – ιδρυτών της εποχής εκείνης ουδόλως στόχευαν στη δημιουργία μιας νέας Μεγάλης Στοάς. Αντιθέτως, εκείνοι οι Αδελφοί μας πίστευαν στην ελεύθερη άσκηση της Ελευθεροτεκτονικής, όπως άλλωστε συμβαίνει και σε όλες τις χώρες του κόσμου. Κάτι τέτοιο όμως δεν συνέβαινε στην Ελλάδα της εποχής εκείνης και υπό την αιγίδα της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος. Έτσι, η δημιουργία ενός νέου Σώματος ήταν αναγκαία. Ας περιγράψουμε όμως σε γενικές γραμμές τα γεγονότα, ώστε να κατανοήσουμε καλύτερα τα δρώμενα της εποχής εκείνης, αλλά και την αναγκαιότητα στην οποία ήδη αναφερθήκαμε.
Στις 7 Ιουνίου 1986 εγκαθιδρύεται η Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος, η οποία συγκροτήθηκε από έξι (6) Στοές (περίπου 250 μέλη), που προηγουμένως υπάγονταν στη δικαιοδοσία της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος. Της τελετής των εγκαινίων ηγήθηκε ο αείμνηστος ΠΣεβ. Αδ. William R.J. Eve, Π.Μ. Διάκονος της Ηνωμένης Μεγάλης Στοάς της Αγγλίας και πρώτος Αναπληρωτής Μέγας Διδάσκαλος της Εθνικής Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος, στην πόλη της Αθήνας.
1993 - 1999: Η Ηνωμένη Μεγάλη Στοά της Αγγλίας αποφάσισε να αποσύρει την αναγνώρισή της από τη Μεγάλη Στοά της Ελλάδος και να αναγνωρίσει, αντ’ αυτής, την Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. Το ίδιο έπραξαν και οι Μεγάλες Στοές της Ιρλανδίας και της Σκωτίας.
1999: Η UGLE αποφάσισε να ακυρώσει την απόφαση του 1993. Η αναγνώριση αποσύρθηκε από την Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. Στην απόφαση αναφέρεται ότι η UGLE θεωρεί Κανονικές και τις δύο Ελληνικές Μεγάλες Στοές. Όπως αναφέρεται στη σελίδα UGLE’s Foreign Relations book 1950 -2000, με τίτλο: Policy and Practice, σελίδα 33:
«… να ανακαλέσει την αναγνώριση από την Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος παρά τη συνεχιζόμενη κανονικότητά της…».
Η αναγνώριση αποσύρθηκε από την Ε.Μ.Σ.τ.Ε. σε μια προσπάθεια της UGLE να ενθαρρύνει τις δύο Μεγάλες Στοές να συζητήσουν την αμοιβαία αναγνώριση. Η Μεγάλη Στοά μας, στις 2 Ιανουαρίου 2019, δήλωσε ότι οι δύο Μεγάλες Στοές μοιράζονται την Ελληνική Επικράτεια (sharing the territory) και έστειλε τη δήλωση με ηλεκτρονικό ταχυδρομείο (email) σε όλες τις Ευρωπαϊκές Κανονικές Μεγάλες Στοές, ενώ το ίδιο έκανε και στις 23 Μαρτίου 2019 στο Ευρωπαϊκό Συνέδριο Μεγάλων Διδασκάλων στο Μονακό. Μέχρι τώρα η Μεγάλη Στοά της Ελλάδος δεν έχει αποδεχθεί την αμοιβαία αναγνώριση ή τον διαμοιρασμό της ίδιας περιοχής με τη Μεγάλη Στοά μας, την Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος.
Η Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος είναι μια Κανονική Μεγάλη Στοά.